Üniversitemizde Biyomühendislik Bölümü ilk yüksek lisans öğrencilerini 2003 – 2004 Güz döneminde almıştır. Günümüze kadar kesintisiz olarak yüksek lisans programı öğretim hizmetini sürdürmektedir.

Bölümümüz bünyesinde, yüksek lisans öğrencileri için, bilgisayar odası, seminer odası ve lisansüstü derslikleri bulunmaktadır. Bölümümüzde, 4 araştırma laboratuvarı vardır.

Modern cihazlarla donatılmış olan laboratuvarlarımızda kamu ve özel sektörün talep ve ihtiyaçlarına yönelik, DPT, TÜBITAK, YTÜ Araştırma Fonu ve uluslararası destekli projeler çerçevesinde çalışmalar yürütülmektedir. Yüksek lisans eğitiminin verildiği Biyomühendislik bölümünde 32 öğrenci eğitim görmektedir. Bölümümüzde halen 9 öğretim üyesi, 13 araştırma görevlisi ve 1 idari personel görev yapmaktadır.